一句话结论
R Markdown 适合已有 R 报告资产的团队继续稳定使用；Quarto 更适合新项目、跨语言分析和更统一的文档/网站/幻灯片输出。迁移前要先看现有模板、包依赖和投稿格式。
Quarto 更适合
- 新项目可重复报告
- 跨 R/Python/Julia 工作流
- 需要统一输出论文、网页和幻灯片
R Markdown 更适合
- 已有 R Markdown 模板
- 团队已经熟悉 knitr
- 维护存量报告
编辑部评分
| 维度 | Quarto | R Markdown | 说明 |
|---|---|---|---|
| 新项目体验 | 5/5 | 4/5 | Quarto 更顺。 |
| 存量兼容 | 3/5 | 5/5 | R Markdown 更稳。 |
| 跨语言 | 5/5 | 3/5 | Quarto 更强。 |
| R 生态成熟度 | 4/5 | 5/5 | R Markdown 仍有优势。 |
评分用于帮助用户快速判断场景匹配度，不代表工具绝对优劣；正式科研任务仍需按团队流程复核。
核心差异表
| 维度 | Quarto | R Markdown | 怎么判断 |
|---|---|---|---|
| 新项目 | 更推荐 | 仍可用 | Quarto 更现代 |
| 存量项目 | 迁移需测试 | 继续维护更稳 | 不要为迁移而迁移 |
| 跨语言 | 支持更自然 | 以 R 为中心 | 多语言分析看 Quarto |
| 投稿草稿 | 模板逐步丰富 | 生态成熟 | 目标期刊模板要实测 |
推荐工作流
- 1先列出现有报告模板和依赖包。
- 2选一篇已完成分析做迁移测试。
- 3核对表格、图、参考文献和补充材料输出。
- 4确认团队编辑和审稿复核流程。
- 5新项目再决定是否全面使用 Quarto。
快速选择规则
- 新项目优先评估 Quarto。
- 存量 R Markdown 项目不要急迁移。
- 投稿前必须实测目标格式和参考文献输出。
常见问题
Quarto 会替代 R Markdown 吗？
很多新项目会转向 Quarto，但存量 R Markdown 仍可稳定维护。
医学论文需要可重复报告吗？
强烈建议，尤其是统计表、图和补充材料需要可复核时。