"research workflow" mermaid：完整指南

什么是 research workflow mermaid

"research workflow" mermaid 通常指用 Mermaid 语法把研究流程画成可维护的流程图、时序图或状态图。对医学研究者、研究生和临床科研人员来说，它的价值不是让图更漂亮，而是把检索、纳排、数据提取、统计复核和写作分工变成团队都能检查的结构。

Mermaid 的优势在于文本化。你可以把流程图放进 Markdown、项目文档、实验记录、Git 仓库或团队知识库中，后续修改时只改几行代码，而不是重新拖拽整张图。对于需要反复修订方案、记录版本和回应导师或合作者意见的研究项目，这一点很实用。

这个页面不提供临床建议，也不替代研究设计、统计咨询或伦理审查。它关注的是如何把研究工作流描述清楚，让每一步的输入、输出、责任人和复核点更容易被追踪。

适合哪些研究场景

Mermaid 最适合边界清楚、步骤可拆分、多人协作的科研任务。例如系统综述、范围综述、回顾性队列研究、指南证据整理、课题开题流程、医学论文写作流程，以及临床问题到研究问题的转换记录。

如果你的项目还处在非常早期的头脑风暴阶段，Mermaid 可以先画一个粗流程；等 PICO、纳排标准、数据库、结局指标和统计计划明确后，再把图细化。不要一开始就把图画得过于复杂，否则团队会维护不下去。

在 agent2research.com 的使用路径中，可以先从 /topics 梳理研究主题，再用 /methods 明确方法学框架，最后在 /tools 中选择适合的检索、管理和写作工具。

推荐的基础工具组合

一个可执行的 research workflow 不需要堆很多工具。更重要的是每个工具负责什么，以及什么时候停止使用某个工具。医学研究中常见组合包括文献数据库、文献管理器、筛选平台、数据表格、统计软件、写作环境和流程图文档。

• 检索阶段：PubMed、Embase、Web of Science、Cochrane Library 或学科数据库，用于获得可追溯的检索结果。
• 管理阶段：Zotero、EndNote 或 Mendeley，用于去重、分组、导出引用和保留 PMID、DOI 等标识。
• 筛选阶段：Rayyan、Covidence 或结构化表格，用于标题摘要筛选、全文筛选和冲突解决。
• 提取阶段：Excel、Google Sheets、REDCap 或数据库表，用于记录研究设计、样本、干预、结局和统计结果。
• 绘图阶段：Mermaid、Markdown 编辑器、Obsidian、GitHub、GitLab 或支持 Mermaid 的知识库，用于维护研究流程图。

工具选择应服务于审计和复查。只要团队能够稳定记录检索式、纳排原因、版本变化、数据来源和复核意见，简单工具也可以完成严谨流程。

一个可执行的医学研究流程

下面是一套适合医学文献研究或系统综述初稿的 practical workflow。你可以把它转成 Mermaid flowchart，并在每个节点旁边标注负责人、交付物和复核规则。

1. 定义研究问题：明确 PICO 或 PECO，写出人群、暴露或干预、对照、结局和研究类型。
2. 制定方案：记录数据库、检索时间范围、纳入排除标准、主要结局、次要结局和质量评价工具。
3. 构建检索式：先在 PubMed 测试关键词和 MeSH，再扩展到其他数据库，并保存完整检索式。
4. 导出与去重：导出 RIS、BibTeX 或 CSV 文件，导入文献管理器，记录去重前后数量。
5. 标题摘要筛选：至少一名研究者按纳排标准筛选，高风险项目建议双人独立筛选。
6. 全文筛选：保存排除理由，例如研究类型不符、人群不符、结局缺失或全文不可得。
7. 数据提取：提取作者、年份、地区、样本量、方法、暴露、干预、结局、效应量、置信区间和调整变量。
8. 质量评价：按研究类型选择 RoB 2、ROBINS-I、QUADAS-2、Newcastle-Ottawa Scale 或其他合适工具。
9. 统计与综合：判断是否适合荟萃分析；如果不适合，做结构化叙述综合，并说明异质性来源。
10. 写作与复核：把方法、结果、图表、补充材料和引用逐项核对，保留版本记录。

这套流程的关键不是步骤数量，而是每一步都有可检查的输出。例如检索阶段输出检索式和记录日期，筛选阶段输出 PRISMA 数量，提取阶段输出数据表，统计阶段输出代码、模型和敏感性分析。

Mermaid 图应该怎么画

建议先画主流程，再补充分支。主流程可以用 flowchart 表示，从“研究问题”到“发表前复核”；冲突处理、全文排除、统计不可合并等情况作为条件节点。这样读者能先看到总体路径，再理解例外情况。

节点名称应具体，但不要写成长句。例如使用“导出检索结果”“标题摘要筛选”“记录全文排除理由”，而不是“完成文献处理”。如果节点太抽象，团队成员无法判断自己是否完成了任务。

对于医学研究，建议在 Mermaid 图旁边配一个字段说明表，列出每个节点的输入、输出、负责人、复核人和文件位置。流程图负责展示路径，表格负责承载细节，两者配合更稳定。

场景对比：不同研究任务怎么选流程

如果团队同时处理多个研究问题，可以为每个问题保留同一模板。模板一致能降低沟通成本，也方便以后对比不同主题的证据强度和进展状态。

风险、边界和复核要求

Mermaid 只能帮助你表达流程，不能保证研究设计正确，也不能判断医学结论是否可靠。流程图中的每个结论节点都应该回到原始证据，而不是只依赖摘要、二手综述或自动生成的总结。

医学结论必须对照原始论文检查，包括 PMID/DOI、研究方法、样本来源、样本量、纳入排除标准、主要和次要结局、效应量、置信区间、P 值、调整变量、亚组分析和敏感性分析。若论文方法、样本、结局或统计结果不支持某个表述，就不应把它写成确定性结论。

还要区分科研工作流和临床决策。这个页面讨论的是研究流程管理、证据整理和写作复核，不构成诊断、治疗、用药或患者管理建议。涉及临床应用时，应由合格专业人员结合指南、原始研究、患者情况和机构规范判断。

自动化工具也有边界。AI 可以帮助整理检索式、提取候选字段、生成 Mermaid 初稿或检查遗漏节点，但不应替代人工筛选、统计判断、偏倚评价和结论审定。尤其在医学研究中，错误引用、错读结局和夸大效应都可能造成严重后果。

如何把流程接入团队协作

团队协作时，建议把 Mermaid 文件和研究文档放在同一个位置，并为每次重要修改记录日期、修改人和原因。对于需要发表或提交的项目，还应保留检索记录、筛选记录、排除理由和数据提取表的版本。

可以在 /resources 准备项目模板，在 /compare 对比不同工具是否支持 Mermaid、引用导出、多人协作和版本控制。工具不必一次到位，但流程记录最好从项目开始就建立。

一个实用做法是每周只检查三件事：当前节点是否完成，输出文件是否可找到，是否有需要复核的医学判断。这样 Mermaid 图不会只是装饰，而会成为项目管理和质量控制的一部分。

检查清单

在交付给导师、合作者或期刊前，可以用下面的清单快速检查 research workflow 是否足够清楚。

• 研究问题是否明确写出人群、干预或暴露、对照、结局和研究类型。
• 检索数据库、检索式、检索日期和导出格式是否可追溯。
• 标题摘要筛选、全文筛选和排除理由是否有记录。
• 数据提取表是否包含方法、样本、结局和统计字段。
• 质量评价工具是否与研究类型匹配。
• 所有医学结论是否回查原始论文、PMID/DOI、方法、样本、结局和统计结果。
• Mermaid 图是否能让新加入成员理解当前项目进度和下一步任务。

当这些条件满足时，"research workflow" mermaid 就不只是一个图，而是一份可复查、可协作、可持续更新的研究流程说明。